近年来，在农业部等国家有关部委的关心支持下，新疆立足区域资源特色和产业优势，以“改造提升传统畜牧业、开拓创新现代畜牧业”为方向，围绕畜牧业“六大体系建设”借助农业援疆的政策和项目支持，大力实施“科技兴牧”工程，畜牧业科技创新能力、科技成果转化能力、技术推广示范能力和科技服务能力显著增强，有力的促进了畜牧业生产水平、生产效率和经济效益的不断提升。
畜牧业科学研究取得新进展
    在家畜新品种培育方面，先后育成新吉细毛羊、多浪羊、新疆绒山羊、博格达绒山羊、新疆驴、拜城油鸡、新疆鹅等优质高产畜禽新品种；超细型细毛羊、细绒型绒山羊和高产型绒山羊、肉羊新品种（系）培育取得了阶段性进展；选育出高产抗病奶牛新类型；新疆褐牛的生产性能提纯复壮进展显著，新类型培育研究全面展开；有24个牧草品种获得登记，使新疆动植物新品种培育位居国内先进行列。在家畜繁育技术应用研究上，研究形成了体外性控胚胎和体内性控胚胎两大技术体系；成功将胚胎移植技术运用于马、驴品种繁育与地方品种资源保护利用中；在动物疫病防治技术研发方面，先后研制出口蹄疫O型/AsiaI型双价灭活苗等新疫苗和新制剂10余种，有效保障了我区畜牧业生产安全；在畜产品标准化生产技术应用研究上，参与制（修）订国家行业标准16个，地方标准150个，研究制定了《新疆细羊毛标准体系》、《肉牛工厂化生产》等标准体系19个，为我区乃至全国畜牧业生产向科学化、规范化、标准化方向迈进提供了有力科技支撑。“十一五”期间,获得国家科技进步奖1项，省部级科技进步奖13项。
    畜牧业技术推广成效显著
    “十一五”期间，新疆重点组织实施技术成果转化20余项，示范推广主导品种10多个和主推技术20多项。中国美利奴羊、博格达绒山羊、荷斯坦牛、新疆褐牛、巴什拜羊、萨福克羊、道塞特羊等一批适应新疆气候条件的优良品种成为畜牧业生产的主导品种。新疆的绵羊存栏数、羊肉和绵羊毛产量居全国第一；细羊毛和山羊绒产量居全国第二；奶类总产居全国第五。人工授精、胚胎移植等技术在全国率先实现牛胚胎移植技术商品化和产业化应用，牛胚胎产量、移植数量和妊娠率均居国内领先水平。2009年全区牛良种率达60%，绵羊良种率达到了69%，山羊良种率达到了67%。口蹄疫O型/AsiaI型双价灭活疫苗实现产业化生产，在全国31个省市广泛使用。细羊毛标准化生产技术在全疆18个细羊毛基地县大面积推广，生产品牌羊毛8000余吨，连创6年国产羊毛拍卖记录，并实现了国产原毛的出口先河。肉用牛羊经济杂交及配套饲养技术在全疆12个地州76个县市进行推广，商品肉用牛羊生产水平得到大幅度提升。
    畜牧业科技创新和技术支撑体系进一步完善
    通过深化畜牧科技体制改革,整合畜牧科技资源,加大建设投入力度，全区畜牧业科技支撑体系建设不断得到巩固和加强。全区畜牧系统现有自治区级科研机构1个，地州级科研机构2个，省部级重点实验室4个，畜产品质检中心3个，工程技术中心1个，牧草原种基地2个，成果转化示范基地3个，现代生产力促进中心1个，博士后流动站2个，与畜牧业相关的大中专院校31所，区地县乡四级技术推广机构1452个，从事科技推广的专业技术人员达16000余人。形成以科研院所、高等院校、龙头企业等为一体的畜牧业科技创新体系和推广服务体系。
    畜牧业科技培训工作再上新台阶
    畜牧科技培训逐步向标准化、规范化、系列化发展，科技培训技术由产中不断向产前、产后延伸；培训内容由生产不断向加工、贮存、畜产品质量安全、市场营销、法律法规等方面扩展；培训形式由集中授课、现场观摩向专题讲座、现场指导、包乡包村“技术到户、知识入脑”转变；培训人员由注重培养技术人员、农牧民向管理干部、执法人员、涉牧员工、村级防疫员渗透。“十一五”期间，培训行业领导干部近2000人次，培训各类技术人员40余万人次，农牧民100余万人次；编写和制作维、汉、哈、蒙等培训教材、实用手册、明白纸和技术光盘近60多万册（盘），涉及畜牧专业技术60余项。