畜禽良种化是现代畜牧业的重要特征和基础，“十一五”以来，在一系列国家农业援疆政策和项目的支持推动下，全区上下积极推进畜禽种源生产、良种推广、监督检测、科技支撑四大体系建设，取得了一定成效。 
    立足生产发展需要 强化种源生产体系建设 
    为尽快形成新疆畜禽品种优势，满足生产用种需要，近两年，新疆狠抓了主导优势畜种种畜禽场建设。结合国家奶牛、生猪标准化养殖场建设项目实施，牢固把握自治区扶持奶业发展2000万元、生猪产业1000万元、品种改良1000万元、现代畜牧业发展（畜牧改良生产类）2500万元专项资金投资方向，广泛吸纳社会育种资金注入，两年来，全区共新建牛羊原种场（扩繁场）15家、猪禽扩繁场（父母代场）27家，奶牛高产核心群7个。2008年，呼图壁种牛场投资9000万元，引进加拿大荷斯坦高产奶牛2800头，建成西北地区最大的现代奶牛示范养殖场。2009年自治区财政投资600万元，融资3800万元，启动实施了蛋禽、肉禽各5000套祖代鸡场建设工程。通过种源基地建设，畜禽生产能力明显提高，2009年全区牛羊种公畜生产能力达到了2万头，较2006年增加1.2万头,商品仔猪、蛋肉禽苗在满足区内生产需要的基础上，还批量销往内地省区。 
    在组织实施好国家奶牛良种补贴项目的基础上，为提高新疆边远农牧区牲畜良种化率，2007年启动了新疆优良种畜补贴项目，重点对新疆边远农牧区品种改良用种公畜实施财政补贴。自治区财政每年安排500万元专项资金用于优良种畜补贴，2009年自治区补贴资金达到了900万元，采购补贴种畜总量超过9000头（只）。2009年起国家在新疆重点实施了绵羊良种补贴项目，年补贴资金总额1600万，补贴数量2万只。补贴项目的实施，项目区牲畜改良比例明显提高，据调查，2009年新疆牧区及贫困农区牛的良种率达到53%，羊的优良化率达到61%，分别较2006年提高5个和7个百分点。 
    提高品改技术服务面 加强畜禽良种推广体系建设 
    液氮、冻精生产储运设施设备是开展品种改良工作的基础。自2002年起，自治区每年安排10个品种改良示范县建设项目，建设资金主要用于配种站点基础设施建设和站点标准化配置。2008年自治区又启动实施了畜禽改良冷链体系建设工程，自治区自筹资金3800万元，完成了重点地州冷链体系建设，当年区内人工授精、胚胎移植等改良技术应用水平就得到大幅提高，全区牛冻精使用量达到160多万剂，牛冷配改良头数90万头，牛冷配改良比例较2007年提高近8个百分点。 
    为解决基层品种改良技术人员不足问题，2008年自治区财政投资120万元，实施了“万名家畜繁殖工”培训工程，截止目前，全区已培训家畜繁殖工6200多名。 
    贯彻落实《畜牧法》 完善种畜禽质量监督检测体系 
    为加大新疆特有畜禽遗传资源保护，尽快保存和抢救濒危物种，防止畜禽遗传资源的灭失。2008年对全疆60个畜禽品种资源进行全面调查。制定了《新疆畜禽遗传资源保护名录》，将55个品种列为自治区级畜禽遗传资源保护名录，同时，积极落实地方财政专项保种经费，到2009年自治区财政年度安排畜禽品种资源保护专项经费已达300万元，共扶持建设自治区畜禽遗传资源保种场、保护区17个。 
    结合自治区优良种畜补贴项目的实施，重点加强区内种畜场的规范管理，全面开展种畜鉴定工作。对鉴定合格的种公畜加施自治区良种补贴专用耳标，耳标编号统一采用自治区规定的编号方法编排，做到“一畜一号、一畜一证”。2009年全区共组织鉴定种公畜2.8万头(只),其中鉴定合格种畜2.1万头(只)。 
    当前新疆畜牧业已进入由传统向现代转变的关键时期，自治区计划“十二五”期间，借助国家农业援疆政策和项目支持，逐步建立起区内育、繁、推、用配套，运转机制灵活，监督管理有效的新型畜禽良种繁育体系。到2015年，牛的良种率由目前年的59%，提高到75%以上，羊的品种优良化率由67%，提高到80%以上，猪禽良种率达到95%。畜牧人坚信，通过进一步完善制度，规范种畜禽生产，创新机制，促进种业发展，依靠科技，增强繁育创新能力，健全机构，加大畜牧法制宣传，一定能实现这一目标。